В 1854 году он был зарегистрирован как «квартирующийся» в списке прихожан Спасской церкви города Минусинска.
В 1857 году Зайцев получил статус купца 3-й гильдии.
В 1859 году он приобрел деревянный дом с флигелем и всеми необходимыми принадлежностями у мещанина Ильи Котлярова за 1400 рублей серебром.
В 1860 году, уже будучи купцом 2-й гильдии, он купил еще один дом с усадьбой на Барнаульской улице у мещанина Чуева.
Торговое заведение Зайцева располагалось в его доме, где также жила его семья. Согласно документам словесного суда, основным товаром, который продавался в Минусинске, были аршинные изделия российского производства. Не смотря на то что Зайцев не умел читать и писать, обладал выдающимися навыками в торговле. Он занимался продажей мануфактурных, галантерейных, скобяных и бакалейных товаров, а также поставлял бумагу для окружных учреждений Минусинска.
В те годы в городе не было купцов 1-й гильдии, а количество купцов 2-й гильдии составляло 9 человек, тогда как 3-й гильдии — 62.
В1860 год Зайцев уже числился купцом 2-й гильдии и был одним из самых успешных торговцев. В течение года в Минусинск поступало до 100 возов товаров общей стоимостью до 50 тысяч рублей. Согласно ведомости Минусинского Словесного суда от 11 августа 1861 года, в прошлом году в город было доставлено 419 возов товаров на сумму 154 тысячи рублей, и Никифор Зайцев вместе с Матреной Беловой владел двумя третьими частями этой стоимости.
В 1862 году Зайцев был утвержден строителем церкви во имя Животворящей Троицы и занимал эту должность почти десять лет.
В 1871 году он передал свои дела купцу 1-й гильдии И. Г. Гусеву, при этом к тому времени было собрано 12 371 рубль общественных средств. Передача дел проходила не без конфликтов: Гусев стремился начать строительство новой церкви рядом со своей усадьбой, а Зайцев, по причине неграмотности, не смог оформить передачу средств надлежащим образом.
С 1875 по 1881 год Никифор Михайлович был избран старостой Спасского собора на два срока подряд и за это время значительно украсил храм.
В 1903 году он пожертвовал 2000 рублей на устройство иконостаса в Никольском приделе Спасского собора. При избрании на второй срок старосты в 1885 году было отмечено, что Зайцев оказал значительное влияние на украшение храма и был полезен обществу. В том же году он получил благословение и грамоту от Синода.
Когда в начале XX века проводилась перестройка Спасского собора, в 1902 году Никифор Михайлович вновь пожертвовал 2000 рублей на новый иконостас и даже просил разрешения самому заняться его устройством. Никифор Михайлович Зайцев скончался 27 марта 1905 года в возрасте 83 лет от старости. В метрической книге была сделана запись о том, что он был почетным гражданином города Минусинска.